TP 5

Drug response

Zahlreiche Risikogene für chronisch- entzündliche Erkrankungen sind beschrieben worden.  Da sehr unterschiedliche molekulare Prozesse durch diese Varianten betroffen sind müssten sich eigentlich auch in der molekularen Pathophysiologie erhebliche Unterschiede zwischen Patienten zeigen, die insbesondere Hinweise auf unterschiedliche Primärtherapien geben könnten. Erstaunlicherweise ist das äußere Erscheinungsbild der einzelnen Krankheiten fast monomorph und eine genauere molekulare Charakterisierung von Therapieansprechen ist bisher nicht erfolgt.
Ziel des Projektes ist es, die dynamischen Prozesse von Therapieansprechen oder -versagen auf verschiedenen molekularen Ebenen longitudinal zu annotieren und in ein systemmedizinisches Modell zu überführen .
Es werden hierzu im Teilprojekt, Fälle mit entzündlichen Barriereerkrankungen durch Therapien behandelt, die einzelne Mediatoren ausschalten (z.B. den Mediator TNF durch monoklonale Antikörper gegen TNF, weitere Biologika gegen den IL6R).  Dieser gezielte Eingriff in die Pathophysiologie der Erkrankung erlaubt eine systembiologische Analyse der komplexen Regulationsvorgänge.  Dazu werden in kurzen Zeitabständen nach Entfernung eines einzelnen Mediators verschiedene genomische Charakterisierungen durchgeführt (z.B. Transkriptom aus peripherem Blut und Darm, intestinales Mikrobiom, Epigenom aus Blutzellen und Darmzellen). Diese Aufarbeitung der Systembiologie des Krankheitsprozesses erfolgt in kleinen Kohorten, die die individuelle Variabilität nicht berücksichtigen. In größeren Kohorten wird daher mit weniger Zeitpunkten eine vergleichbare Analyse durchgeführt, die dann auch nach der Gegenwart genetischer Risikofaktoren (z.B. ob Autophagie-defiziente Patienten besser oder schlechter auf anti-TNF ansprechen) stratifiziert werden können.


Keywords: Individueller Krankheitsverlauf, Epigenom, Transkriptom, Mikrobiome