e:Med Projektgruppe Multiscale sequence-based analysis tools

vormals: Epigenetik und Sequenzierung

Die Projektgruppe (PG) Epigenetik und Sequenzierung beschäftigt sich mit technologischen Lösungen sowie neuen Entwicklungen für Sequenzierungsfragen und epigenetische Analysen. Der Hauptfokus liegt auf dem Erfahrungsaustausch untereinander. Kernpunkte sind Zugänglichkeit und Limitationen bei der Anwendung der verschiedenen Techniken.
Die PG hält eine Aufstellung in e:Med vorhandener Tools und Expertisen inklusive konkreter Ansprechpartner für die einzelnen epigenetischen und weiteren Techniken für sinnvoll. Auch in der PG Informatik & Modellierung war Bedarf an einer Expertisen-Liste aus der e:Med Community festgestellt worden. Die Fragen beider PG sind in eine Online-Umfrage eingeflossen, die Dr. Matthias Ganzinger (Leiter PG Inf & Mod) Ende 2015 erstellt hat. Die Ergebnisse sind für alle e:Med Mitglieder im Intranet zugänglich.
 
Im Rahmen des e:Med Meeting 2015 organisierte die PG einen Workshop Epigenetics & Transcriptomics. Ein umfassender  Überblick zur Epigenetik, Vorträge zu Technologien, einzelnen e:Med Projekten sowie das internationale Konsortium IHEC fanden viel Beachtung. 2017 organisierte die PG im Rahmen des e:Med Meetings in Göttingen ein Satelliten Symposium zu technologischen Innovationen mit Vorträgen zu multispektralem Imaging und Single Cell Analyse, welches den jungen Wissenschaftlern interessante Diskussionen auf Arbeitsebene ermöglichte.

Zudem organisierte die PG 2017 die Summer School SEEDED - Sequencing Analysis of Epigenetic Deregulation in Disease unter der Leitung von Prof. Karsten Rippe.

Aktuelle Aktivitäten der PG:

• Planung von Workshops mit Vorstellung neuer NGS-Methoden und deren Möglichkeiten.
  z.B. Workshop zum Thema "Single Cell Sequencing".
   
• Die PG erwägt, einen Blog als Kommunikationsplattform zu starten. Hier könnten Fragen zu Standardisierung, Tools zur Daten Visualisierung etc. gestellt werden, Wet Lab Protokolle ausgetauscht, verschiedene Sequenzierungs-Kits diskutiert werden etc.

Ansprechpartner für Fragen / wissenschaftliche Diskussion:

Prof. Dr. Karsten Rippe (Karsten.rippe@bioquant.uni-heidelberg.de): ATAC, ChIP, DNAm, cancer
Prof. Dr. Philip Rosenstiel (p.rosenstiel@mucosa.de): RNAseq, DNAm, microbiome
Dr. Simon Haas (simon.haas@hi-stem.de): single-cell sequencing

Alle e:Med Mitglieder sind herzlich willkommen, in der PG mitzuwirken. Bitte kontaktieren Sie bei Interesse Dr. Asli Kayserili (asli.kayserili@dkfz.de) in der e:Med Geschäftsstelle.