e:Med Summer School ConlSym

Schloss Ringberg 20.– 24. Mai 2019

Die 5-tägige BMBF geförderte ConISyM Summer School 2019 unter der Leitung von Prof. Dr. Bernd Pichler widmete sich der Bildverarbeitung in der Systemmedizin. ConISyM zielte darauf ab, Methodenkompetenzen von Nachwuchswissenschaftler_innen zu stärken und ihnen neue Sichtweisen auf ihre Projekte zu bieten. Die Forschenden sollten in die Lage versetzt werden, über ihr eigenes Forschungsfeld hinaus zu denken und neue Techniken zu erlernen, welche miteinander kombiniert werden können, sodass der beste Nutzen aus der jeweiligen Anwendung gezogen werden kann.
 

20 ambitionierte Doktorand_innen und Postdoctorand_innen aus den Bereichen Medizin, Biologie, Bioinformatik und Mathematik trafen auf Schloss Ringberg in der Nähe des Tegernsees auf 15 (inter)nationale Referent_innen aus den unterschiedlichsten Forschungsgebieten - Systemmedizin, klinische Forschung und Anwendung, präklinische Forschung, Informatik. Gemeinsam setzten sie sich mit den vielfältigen Themengebieten der Bildverarbeitung interdisziplinär auseinander.  Das strukturierte Programm zur Weiterbildung in der Bildgebung fokussierte sich sowohl auf makroskopische und mikroskopische Bildgebungsmodalitäten sowie klinisch relevante diagnostische Verfahren wie multiparametrische Bildgebung, Histopathologie, Omics-Daten und flüssige Biomarker. Ergänzt wurde dies durch Themenblöcke zur Datenintegration, Netzwerkanalyse, Machine Learning und Fragestellungen zur personalisierten Medizin und Systembiologie.

Darüber hinaus wurde ein link zwischen den einzelnen Projektgruppen der e:Med Förderlinie (bioinformatics & data management, data security & ethics, epigenetics & sequencing) mithilfe von Übersichtsvorträgen aus deren Bereichen hergestellt.
Zusätzlich zu den eingeladenen Referenten wurden auf Basis der eingereichten abstracts vier Teilnehmer gebeten, ihre Arbeiten in Form eines Vortrages zu präsentieren (Auswahl erfolgte auf Basis eines review-Prozesses). Die restlichen 16 Teilnehmer wurden gebeten, ihre Arbeiten in Form eines Posters zu präsentieren, welche dann während eines Posterwalks mit allen Teilnehmern diskutiert wurden. Die Arbeiten der Teilnehmer reichten dabei von Imaging Biomarkern und Liquid Biopsies über Software Entwicklung für Machine Learning Anwendungen, verschiedene Machine Learning Ansätze und Computational Pathology bis hin zur Analyse von Sequencing-Daten und zur Entwicklung von multi scale-Modellen.

Insgesamt bewerteten die Teilnehmenden der ConISyM Summer School die breit gefächerten Themen zur Bildgebung ausgesprochen positiv. Die Vorträge wurden als inhaltsreich und gut aufeinander abgestimmt gesehen. Besonders positiv hervorgehoben wurden die intensiven Diskussionen unter den interdisziplinär zusammengesetzten Teilnehmern und Referenten während des gesamten Workshops. Die Teilnehmer_innen fanden ausreichend Zeit und Möglichkeit, den Sprecher_innen spezifische Fragen zu stellen und diese intensiv zu diskutieren.
Aufgrund starken Hochwassers am Tegernsee fiel der geplante Bootsausflug buchstäblich ins Wasser - woraufhin spontan ein Workshop zu Crowd Sourcing durchgeführt wurde, der großen Anklang fand. Die Teilnehmenden wurden in die Analyse von Gewebeschnitten auf einer webbasierten Computational Pathology-Plattform eingewiesen und führten komplexe Bild-Annotationen selbst durch.

Die weitläufigen Räumlichkeiten des Schloss Ringbergs am Tegernsee mit Tischkicker, Tischtennis und Musikzimmer sowie der Ausflug mit Gondelfahrt zum Wallberg, dem höchsten Gipfel am Tegernsee, sorgten zusätzlich für informellen Austausch zwischen den Teilnehmern und Referenten in entspannter Atmosphäre und bildeten ein gelungenes Rahmenprogramm für die Summer School.