TP 4

Profiling der Pathway-Aktivierung in Klinischen Proben mit dem Ziel der Identifikation von Biomarkern

Dieses Teilprojekt beruht sowohl auf bioinformatischen Tools, wie zum Beispiel der „RPPAnalyzer“ und „R2LC“, die im Rahmen des vom BMBF geförderten Projekts BreastSys entwickelt wurden, als auch auf der Nutzung klinischen Materials. Mittels RPPA werden Proben von HER2-positiven Brusttumoren, Brustkrebsmetastasen sowie Brustkrebszelllinien analysiert. Ein umfassendes Daten-Set wurde bereits im Verbundprojekt BreastSys (BMBF Initiative MedSys) für ER-positive Brusttumore entwickelt. Mittels RPPA sollen nun die Menge und der Aktivierungsstatus von Tumor-relevanten Signalproteinen in Patientenproben ermittelt werden, wobei das Profiling der Pathway-Aktivierung auf das Detektieren von Proteinen aus dem EGFR/ERBB Signaling zugeschnitten ist. Die Ergebnisse werden anschließend in Zusammenhang mit den Outcome-Daten der Patienten ausgewertet, um eine möglicherweise prognostische Rolle von ERBB1-4 Expressionslevel und Aktivierungsstatus hinsichtlich der Therapie-Response, der Tumorprogression und, im Falle von metastasierenden Erkrankungen, der Besiedlung von Zielorganen zu untersuchen.
Ein weiterer Aspekt der Untersuchung wird der Vergleich von Vorhersagewerten, welche mittels R2LC für ER-positive G2-Brusttumore ermittelt wurden, mit Bewertungsscores anderer Tools sein. Die identifizierten Biomarker werden weiterhin basierend auf IHC und TMAs evaluiert. Zu den Aufgaben dieses Teilprojektes gehört das zentrale Datenmanagement des Gesamtprojektes sowie die statistische Datenanalyse.
Desweiteren soll das auf Literatur basierende Pathway-Modell weiterhin ausgebaut werden zur Identifikation von relevanten molekularen Netzwerken in klinischen Proben. Hierbei wird unsere Software „RBiopaxParser“ genutzt und das Modell durch die Integration von öffentlichen Daten von Biopax oder SBML-Modellen erweitert werden.


Analyse von molekularen Pathways auf verschiedenen Leveln. Siehe auch Wachter A, Beißbarth T, Bioinformatics, 2015.

Eine der Hauptaufgaben wird sein, die entschlüsselten Mechanismen des Teilprojekts 3 und die Informationen aus den Analysen des klinischen Materials in dieses Teilprojekt zu integrieren, um Stratifizierungsregeln und Biomarker für Brustkrebs hinsichtlich einer geeigneten Kombinationstherapie zu etablieren. Ein wichtiger Schritt für die Übertragung in die Klinik ist es dabei, Hochrisiko-Patienten unter Standardtherapie zu identifizieren, die durch eine zielgerichtete Therapie für HER2-low Tumore profitieren können.