e:Med Projektgruppe Bildverarbeitung

Die Projektgruppe Bildanalyse ist ein Forum, um biomedizinische Bilddaten auf verschiedenen Ebenen zu diskutieren - von ihrer Erzeugung über die Bildanalyse bis hin zur Quantifizierung der relevanten visuellen Information. Wir sind besonders daran interessiert, neue Bildgebungs- und Bildanalyseverfahren zu diskutieren und mit den relevanten Fragestellungen in der Biomedizin zu verbinden. Solche Methoden umfassen, sind aber nicht beschränkt auf: auf maschinellem Lernen basierende Computer-Vision- und Bildanalyse-Methoden in 2D und 3D, hochauflösende Multiplex-Bildgebungsansätze, Analyse und Verfolgung des Verhaltens einzelner Zellen in Hochdurchsatz- und Langzeit-Live-Zell-Bildgebungsexperimenten sowie Softwarelösungen zum Umgang mit den großen multidimensionalen Datenmengen, die bei solchen Projekten entstehen.

Unsere Gruppe vereint Experten, die routinemäßig mit Bildern arbeiten, indem sie diese generieren, Bildgebungsverfahren verbessern, Berechnungsmethoden für deren Analyse entwickeln oder sie einfach qualitativ nutzen. Mit der vielfältigen Expertise, die in unserer PG vorhanden ist, hoffen wir, Ideen zu entwickeln, wie die quantitative Auslesung von Bilddaten verbessert werden kann, indem die Bildgebung an die Analysemethoden angepasst wird und umgekehrt. 
 

Aktivitäten

Durch die Aktivitäten der PG wollen wir ein Netzwerk und eine Gemeinschaft von Forschern in der Bildanalyse in ganz Deutschland aufbauen. Wir freuen uns auf den offiziellen Start unserer Gruppe während der e:Med Jahrestagung 2021 www.sys-med.de/de/meeting/emed-meeting-2021/. In halbjährlichen Workshops werden wir Experten zu verschiedenen Aspekten der Bilderzeugung und -verarbeitung einladen und Diskussionsgruppen für Nachwuchswissenschaftler in ihren spezifischen Forschungsthemen einrichten. 

Organisierender Ausschuss 

Kasia Bozek - Gruppenleiterin des Labors Data Science of Bioimages (https://www.bozek-lab.cmmc-uni-koeln.de/), am Zentrum für Molekulare Medizin Köln (https://www.cmmc-uni-koeln.de). Mit breiter Erfahrung in der Analyse großer Datenmengen in der Biologie konzentrieren wir uns derzeit auf die Nutzung neuer Methoden des maschinellen Lernens zur Erweiterung und besseren Nutzung von Bilddaten in Biologie und Medizin.

Stefan Florian - Forschungsgruppenleiter und Assistenzarzt in der Pathologie am Institut für Pathologie, Charité, Berlin
Mit einem Hintergrund in Systembiologie, Pathologie und Zellbiologie arbeiten wir an neuen Ansätzen, um Krebsgewebe auf Protein-, RNA- und DNA-Ebene umfassend zu charakterisieren und gleichzeitig Informationen über den räumlichen Kontext des Tumors zu erhalten, um die Krebsentwicklung und -evolution besser zu verstehen und die Krebstherapie zu verbessern. Wir sind daran interessiert, hochmoderne 2D- und 3D-Bildgebung von Gewebe mit Sequenzierungsansätzen zu kombinieren.

Adrián E. Granada - Leiter des Systems Oncology Lab vom Charité Comprehensive Cancer Center (granadalab.org). Unser Labor konzentriert sich auf das Verständnis, wie zelluläre Zustände und Signaldynamik zelluläre Antworten im Kontext der Krebstherapie steuern. Wir entwickeln neue Bildgebungsstrategien für hochauflösende Einzelzellmikroskopie, die Bildanalyse mit nicht-stationärer Signalanalyse und mathematischer Modellierung kombinieren.


Alle e:Med Mitglieder sind herzlich willkommen, in der PG mitzuwirken. Bitte kontaktieren Sie bei Interesse Dr. Ann-Cathrin Hofer (a.hofer@dkfz.de) in der e:Med Geschäftsstelle.