Fibromap

Buse, M., M. Cheng, V. Jankowski, M. Lellig, V. Sterzer, T. Strieder, K. Leuchtle, I. V. Martin, C. Seikrit, P. Brinkkoettter, G. Crispatzu, J. Floege, P. Boor, T. Speer, R. Kramann, T. Ostendorf, M. J. Moeller, I. G. Costa, and E. Stamellou (2024). "Lineage tracing reveals transient phenotypic adaptation of tubular cells during acute kidney injury." iScience 27(3): 109255. doi.org/10.1016/j.isci.2024.109255.

Flosdorf, N., J. Böhnke, M. A. S. de Toledo, N. Lutterbach, V. G. Lerma, M. Graßhoff, K. Olschok, S. Gupta, V. Tharmapalan, S. Schmitz, K. Götz, H. M. Schüler, A. Maurer, S. Sontag, C. Küstermann, K. Seré, W. Wagner, I. G. Costa, T. H. Brümmendorf, S. Koschmieder, N. Chatain, M. Castilho, R. K. Schneider, and M. Zenke (2024). "Proinflammatory phenotype of iPS cell-derived JAK2 V617F megakaryocytes induces fibrosis in 3D in vitro bone marrow niche." Stem Cell Rep. 19(2): 224–238. doi.org/10.1016/j.stemcr.2023.12.011.

Liebold, I., A. Al Jawazneh, C. Casar, C. Lanzloth, S. Leyk, M. Hamley, M. N. Wong, D. Kylies, S. K. Gräfe, I. Edenhofer, I. Aranda-Pardos, M. Kriwet, H. Haas, J. Krause, A. Hadjilaou, A. B. Schromm, U. Richardt, P. Eggert, D. Tappe, S. A. Weidemann, S. Ghosh, C. F. Krebs, N. A-Gonzalez, A. Worthmann, A. W. Lohse, S. Huber, C. V. Rothlin, V. G. Puelles, T. Jacobs, N. Gagliani, and L. Bosurgi (2024). "Apoptotic cell identity induces distinct functional responses to IL-4 in efferocytic macrophages." Science 384(6691). doi.org/10.1126/science.abo7027.

Pritchard, J. E., J. E. Pearce, I. A. M. Snoeren, S. N. R. Fuchs, K. Götz, F. Peisker, S. Wagner, A. Benabid, N. Lutterbach, V. Klöker, J. S. Nagai, M. T. Hannani, A. K. Galyga, E. Sistemich, B. Banjanin, N. Flosdorf, E. Bindels, K. Olschok, K. Biaesch, N. Chatain, N. Bhagwat, A. Dunbar, R. Sarkis, O. Naveiras, M.-L. Berres, S. Koschmieder, R. L. Levine, I. G. Costa, H. F. E. Gleitz, R. Kramann, and R. K. Schneider (2024). "Non-canonical Hedgehog signaling mediates profibrotic hematopoiesis-stroma crosstalk in myeloproliferative neoplasms." Cell Rep. 43(1): 113608. doi.org/10.1016/j.celrep.2023.113608.

Amrute, J. M., L. Lai, P. Ma, A. L. Koenig, K. Kamimoto, A. Bredemeyer, T. S. Shankar, C. Kuppe, F. F. Kadyrov, L. J. Schulte, D. Stoutenburg, B. J. Kopecky, S. Navankasattusas, J. Visker, S. A. Morris, R. Kramann, F. Leuschner, D. L. Mann, S. G. Drakos, and K. J. Lavine (2023). "Defining cardiac functional recovery in end-stage heart failure at single-cell resolution." Nat. Cardiovasc. Res. 2: 399–416. doi.org/10.1038/s44161-023-00260-8.

Baumdick, M. E., A. Niehrs, F. Degenhardt, M. Schwerk, O. Hinrichs, A. Jordan-Paiz, B. Padoan, L. H. M. Wegner, S. Schloer, B. F. Zecher, J. Malsy, V. R. Joshi, C. Illig, J. Schröder-Schwarz, K. J. Möller, A. Akar, C. Flemming, Felix, Flomm, M. Flosbach, J. Jäger, N. Jeromin, J. Jung, M. Ohms, K. Reinshagen, J. Rische, A. Sagebiel, D. Sandfort, F. Steinert, C. Tomuschat, J. Wesche, M. P. Martin, Y. Yuki, M. Ozawa, J. Sauter, A. H. Schmidt, D. Perez, A. D. Giannou, M. Carrington, R. S. Davis, U. Schumacher, G. Sauter, S. Huber, V. G. Puelles, N. Melling, A. Franke, S. Abedian, C. Abraham, J.-P. Achkar, T. Ahmad, R. Alberts, B. Alizadeh, L. Amininejad, A. N. Ananthakrishnan, V. Andersen, C. A. Anderson, J. M. Andrews, V. Annese, G. Aumais, L. Baidoo, R. N. Baldassano, P. A. Bampton, M. Barclay, J. C. Barrett, J. Bethge, C. Bewshea, J. C. Bis, A. Bitton, T. Bk, G. Boucher, O. Brain, S. Brand, S. R. Brant, J. H. Cheon, A. Chew, J. H. Cho, I. Cleynen, A. Cohain, R. Cooney, A. Croft, M. J. Daly, M. D'Amato, S. Danese, N. E. Daryani, L. W. Datta, F. Degenhardt, G. Denapiene, L. A. Denson, K. L. Devaney, O. Dewit, R. D'Inca, H. E. Drummond, M. Dubinsky, R. H. Duerr, C. Edwards, D. Ellinghaus, P. Ellul, M. Esaki, J. Essers, L. R. Ferguson, E. A. Festen, P. Fleshner, T. Florin, D. Franchimont, A. Franke, Y. Fuyuno, R. Gearry, M. Georges, C. Gieger, J. Glas, P. Goyette, T. Green, A. M. Griffiths, S. L. Guthery, H. Hakonarson, J. Halfvarson, K. Hanigan, T. Haritunians, A. Hart, C. Hawkey, N. K. Hayward, M. Hedl, P. Henderson, G. L. Hold, M. Hong, X. Hu, H. Huang, J.-P. Hugot, K. Y. Hui, M. Imielinski, O. Jazayeri, L. Jonaitis, L. Jostins, G. Juyal, R. Chandra Juyal, R. Kalla, T. H. Karlsen, N. A. Kennedy, M. A. Khan, W. H. Kim, T. Kitazono, G. Kiudelis, M. Kubo, S. Kugathasan, L. Kupcinskas, C. A. Lamb, K. M. de Lange, A. Latiano, D. Laukens, I. C. Lawrance, J. C. Lee, C. W. Lees, M. Leja, N. Lewis, J. Van Limbergen, P. Lionetti, J. Z. Liu, E. Louis, Y. Luo, G. Mahy, M. M. Malekzadeh, R. Malekzadeh, J. Mansfield, S. Marriott, D. Massey, C. G. Mathew, T. Matsui, D. P. B. McGovern, A. van der Meulen, V. Midha, R. Milgrom, S. Mirzaei, M. Mitrovic, G. W. Montgomery, C. Mowat, C. Müller, W. G. Newman, A. Ng, S. C. Ng, S. M. Evelyn Ng, S. Nikolaus, K. Ning, M. Nöthen, I. Oikonomou, D. Okou, T. R. Orchard, O. Palmieri, M. Parkes, A. Phillips, C. Y. Ponsioen, U. Potocnik, H. Poustchi, N. J. Prescott, D. D. Proctor, G. Radford-Smith, J.-F. Rahier, M. Regueiro, W. Reinisch, F. Rieder, J. D. Rioux, R. Roberts, G. Rogler, R. K. Russell, J. D. Sanderson, M. Sans, J. Satsangi, E. E. Schadt, M. Scharl, J. Schembri, S. Schreiber, L. P. Schumm, R. Scott, M. Seielstad, T. Shah, Y. Sharma, M. S. Silverberg, A. Simmons, L. A. Simms, A. Singh, J. Skieceviciene, S. van Sommeren, K. Song, A. Sood, S. L. Spain, A. H. Steinhart, J. M. Stempak, L. Stronati, J. J. Y. Sung, S. R. Targan, K. M. Taylor, E. Theatre, L. Torkvist, E. A. Torres, M. Tremelling, H. H. Uhlig, J. Umeno, H. Vahedi, E. Vasiliauskas, A. t. Velde, N. T. Ventham, S. Vermeire, H. W. Verspaget, M. De Vos, T. Walters, K. Wang, M.-H. Wang, R. K. Weersma, Z. Wei, D. Whiteman, C. Wijmenga, D. C. Wilson, J. Winkelmann, S. H. Wong, R. J. Xavier, K. Yamazaki, S.-K. Yang, B. D. Ye, S. Zeissig, B. Zhang, C. K. Zhang, H. Zhang, W. Zhang, H. Zhao, Z. Z. Zhao, M. Altfeld, and M. J. Bunders (2023). "HLA-DP on Epithelial Cells Enables Tissue Damage by NKp44+ Natural Killer Cells in Ulcerative Colitis." Gastroenterology 165(4): 946–962.e913. doi.org/10.1053/j.gastro.2023.06.034.

Benabid, A., and R. K. Schneider (2023). "Inflammation drives pressure on TP53 mutant clones in myeloproliferative neoplasms." Nat. Genet. 55: 1432–1434. doi.org/10.1038/s41588-023-01479-8.

Braun, F., A. Abed, D. Sellung, M. Rogg, M. Woidy, O. Eikrem, N. Wanner, J. Gambardella, S. D. Laufer, F. Haas, M. N. Wong, B. Dumoulin, P. Rischke, A. Mühlig, W. Sachs, K. von Cossel, K. Schulz, N. Muschol, S. W. Gersting, A. C. Muntau, O. Kretz, O. Hahn, M. M. Rinschen, M. Mauer, T. Bork, F. Grahammer, W. Liang, T. Eierhoff, W. Römer, A. Hansen, C. Meyer-Schwesinger, G. Iaccarino, C. Tøndel, H.-P. Marti, B. Najafian, V. G. Puelles, C. Schell, and T. B. Huber (2023). "Accumulation of α-synuclein mediates podocyte injury in Fabry nephropathy." Journal of Clinical Investigation 133(11). doi.org/10.1172/JCI157782.

Costa, I. G. (2023). "Dissecting gene regulation with multimodal sequencing." Nat. Methods 20: 1282–1284. doi.org/10.1038/s41592-023-01957-1.

Hoeft, K., G. J. L. Schaefer, H. Kim, D. Schumacher, T. Bleckwehl, Q. Long, B. M. Klinkhammer, F. Peisker, L. Koch, J. Nagai, M. Halder, S. Ziegler, E. Liehn, C. Kuppe, J. Kranz, S. Menzel, I. Costa, A. Wahida, P. Boor, R. K. Schneider, S. Hayat, and R. Kramann (2023). "Platelet-instructed SPP1+ macrophages drive myofibroblast activation in fibrosis in a CXCL4-dependent manner." Cell Rep. 42(2): 112131. doi.org/10.1016/j.celrep.2023.112131.

Hölscher, D. L., N. Bouteldja, M. Joodaki, M. L. Russo, Y.-C. Lan, A. V. Sadr, M. Cheng, V. Tesar, S. V. Stillfried, B. M. Klinkhammer, J. Barratt, J. Floege, I. S. D. Roberts, R. Coppo, I. G. Costa, R. D. Bülow, and P. Boor (2023). "Next-Generation Morphometry for pathomics-data mining in histopathology." Nat Commun 14(470): 1–14. doi.org/10.1038/s41467-023-36173-0.

Joodaki, M., M. Shaigan, V. Parra, R. D. Bülow, C. Kuppe, D. L. Hölscher, M. Cheng, J. S. Nagai, M. Goedertier, N. Bouteldja, V. Tesar, J. Barratt, I. S. D. Roberts, R. Coppo, R. Kramann, P. Boor, and I. G. Costa (2023). "Detection of PatIent-Level distances from single cell genomics and pathomics data with Optimal Transport (PILOT)." Mol. Syst. Biol. doi.org/10.1038/s44320-023-00003-8.

Kaesler, N., M. Cheng, J. Nagai, J. O’Sullivan, F. Peisker, E. M. J. Bindels, A. Babler, J. Moellmann, P. Droste, G. Franciosa, A. Dugourd, J. Saez-Rodriguez, S. Neuss, M. Lehrke, P. Boor, C. Goettsch, J. V. Olsen, T. Speer, T.-S. Lu, K. Lim, J. Floege, L. Denby, I. Costa, and R. Kramann (2023). "Mapping cardiac remodeling in chronic kidney disease." Science Advances 9(47). doi.org/10.1126/sciadv.adj4846.

Kolabas, Z. I., L. B. Kuemmerle, R. Perneczky, B. Förstera, S. Ulukaya, M. Ali, S. Kapoor, L. M. Bartos, M. Büttner, O. S. Caliskan, Z. Rong, H. Mai, L. Höher, D. Jeridi, M. Molbay, I. Khalin, I. K. Deligiannis, M. Negwer, K. Roberts, A. Simats, O. Carofiglio, M. I. Todorov, I. Horvath, F. Ozturk, S. Hummel, G. Biechele, A. Zatcepin, M. Unterrainer, J. Gnörich, J. Roodselaar, J. Shrouder, P. Khosravani, B. Tast, L. Richter, L. Díaz-Marugán, D. Kaltenecker, L. Lux, Y. Chen, S. Zhao, B.-S. Rauchmann, M. Sterr, I. Kunze, K. Stanic, V. W. Y. Kan, S. Besson-Girard, S. Katzdobler, C. Palleis, J. Schädler, J. C. Paetzold, S. Liebscher, A. E. Hauser, O. Gokce, H. Lickert, H. Steinke, C. Benakis, C. Braun, C. P. Martinez-Jimenez, K. Buerger, N. L. Albert, G. Höglinger, J. Levin, C. Haass, A. Kopczak, M. Dichgans, J. Havla, T. Kümpfel, M. Kerschensteiner, M. Schifferer, M. Simons, A. Liesz, N. Krahmer, O. A. Bayraktar, N. Franzmeier, N. Plesnila, S. Erener, V. G. Puelles, C. Delbridge, H. S. Bhatia, F. Hellal, M. Elsner, I. Bechmann, B. Ondruschka, M. Brendel, F. J. Theis, and A. Erturk (2023). "Distinct molecular profiles of skull bone marrow in health and neurological disorders." Cell 186(17): 3706–3725.e3729. doi.org/10.1016/j.cell.2023.07.009.

Kylies, D., M. Zimmermann, F. Haas, M. Schwerk, M. Kuehl, M. Brehler, J. Czogalla, L. C. Hernandez, L. Konczalla, Y. Okabayashi, J. Menzel, I. Edenhofer, S. Mezher, H. Aypek, B. Dumoulin, H. Wu, S. Hofmann, O. Kretz, N. Wanner, N. M. Tomas, S. Krasemann, M. Glatzel, C. Kuppe, R. Kramann, B. Banjanin, R. K. Schneider, C. Urbschat, P. Arck, N. Gagliani, M. van Zandvoort, T. Wiech, F. Grahammer, P. J. Sáez, M. N. Wong, S. Bonn, T. B. Huber, and V. G. Puelles (2023). "Expansion-enhanced super-resolution radial fluctuations enable nanoscale molecular profiling of pathology specimens." Nat Nanotechnol: 1–7. doi.org/10.1038/s41565-023-01328-z.

Lassé, M., J. El Saghir, C. C. Berthier, S. Eddy, M. Fischer, S. D. Laufer, D. Kylies, A. Hutzfeldt, L. L. Bonin, B. Dumoulin, R. Menon, V. Vega-Warner, F. Eichinger, F. Alakwaa, D. Fermin, A. M. Billing, A. Minakawa, P. J. McCown, M. P. Rose, B. Godfrey, E. Meister, T. Wiech, M. Noriega, M. Chrysopoulou, P. Brandts, W. Ju, L. Reinhard, E. Hoxha, F. Grahammer, M. T. Lindenmeyer, T. B. Huber, H. Schlüter, S. Thiel, L. H. Mariani, V. G. Puelles, F. Braun, M. Kretzler, F. Demir, J. L. Harder, and M. M. Rinschen (2023). "An integrated organoid omics map extends modeling potential of kidney disease." Nature Communications 14(4903): 1–21. www.nature.com/articles/s41467-023-39740-7.

Li, Z., C.-C. Kuo, F. Ticconi, M. Shaigan, J. Gehrmann, E. G. Gusmao, M. Allhoff, M. Manolov, M. Zenke, and I. G. Costa (2023). "RGT: a toolbox for the integrative analysis of high throughput regulatory genomics data." BMC Bioinf 24(1): 1–12. doi.org/10.1186/s12859-023-05184-5.

Miguel, V., K. C. Reimer, A. K. Galyga, J. Jansen, J. Möllmann, L. Meyer, R. K. Schneider, and R. Kramann (2023). "Protocol to analyze bioenergetics in single human induced-pluripotent-stem-cell-derived kidney organoids using Seahorse XF96." STAR Protocols 4(1): 101999. doi.org/10.1016/j.xpro.2022.101999.

Schreibing, F., T. M. Anslinger, and R. Kramann (2023). "Fibrosis in Pathology of Heart and Kidney: From Deep RNA-Sequencing to Novel Molecular Targets." Circulation Research. www.ahajournals.org/doi/10.1161/CIRCRESAHA.122.321761.

Seifert, L., G. Zahner, C. Meyer-Schwesinger, N. Hickstein, S. Dehde, S. Wulf, S. M. S. Köllner, R. Lucas, D. Kylies, S. Froembling, S. Zielinski, O. Kretz, A. Borodovsky, S. Biniaminov, Y. Wang, H. Cheng, F. Koch-Nolte, P. F. Zipfel, H. Hopfer, V. G. Puelles, U. Panzer, T. B. Huber, T. Wiech, and N. M. Tomas (2023). "The classical pathway triggers pathogenic complement activation in membranous nephropathy." Nat. Commun. 14(473): 1–18. doi.org/10.1038/s41467-023-36068-0.

Tintelnot, J., Y. Xu, T. R. Lesker, M. Schönlein, L. Konczalla, A. D. Giannou, P. Pelczar, D. Kylies, V. G. Puelles, A. A. Bielecka, M. Peschka, F. Cortesi, K. Riecken, M. Jung, L. Amend, T. S. Bröring, M. Trajkovic-Arsic, J. T. Siveke, T. Renné, D. Zhang, S. Boeck, T. Strowig, F. G. Uzunoglu, C. Güngör, A. Stein, J. R. Izbicki, C. Bokemeyer, M. Sinn, A. C. Kimmelman, S. Huber, and N. Gagliani (2023). "Microbiota-derived 3-IAA influences chemotherapy efficacy in pancreatic cancer." Nature: 1–7. doi.org/10.1038/s41586-023-05728-y.

Cheng, M., Z. Li and I. G. Costa (2022). "MOJITOO: a fast and universal method for integration of multimodal single-cell data." Bioinformatics 38(Supplement_1): i282–i289. Fibromap doi.org/10.1093/bioinformatics/btac220.

Dimitrov, D., D. Türei, M. Garrido-Rodriguez, P. L. Burmedi, J. S. Nagai, C. Boys, R. O. Ramirez Flores, H. Kim, B. Szalai, I. G. Costa, A. Valdeolivas, A. Dugourd and J. Saez-Rodriguez (2022). "Comparison of methods and resources for cell-cell communication inference from single-cell RNA-Seq data." Nat Commun 13(3224): 1–13. Fibromap doi.org/10.1038/s41467-022-30755-0.

Jansen, J., K. C. Reimer, J. S. Nagai, F. S. Varghese, G. J. Overheul, M. de Beer, R. Roverts, D. Daviran, L. A. S. Fermin, B. Willemsen, M. Beukenboom, S. Djudjaj, S. von Stillfried, L. E. van Eijk, M. Mastik, M. Bulthuis, W. d. Dunnen, H. van Goor, J.-L. Hillebrands, S. H. Triana, T. Alexandrov, M.-C. Timm, B. T. van den Berge, M. van den Broek, Q. Nlandu, J. Heijnert, E. M. J. Bindels, R. M. Hoogenboezem, F. Mooren, C. Kuppe, P. Miesen, K. Grünberg, T. Ijzermans, E. J. Steenbergen, J. Czogalla, M. F. Schreuder, N. Sommerdijk, A. Akiva, P. Boor, V. G. Puelles, J. Floege, T. B. Huber, H. Achdout, A. Aimon, E. Bar-David, H. Barr, A. Ben-Shmuel, J. Bennett, M. L. Boby, B. Borden, G. R. Bowman, J. Brun, S. Bvnbs, M. Calmiano, A. Carbery, E. Cattermole, E. Chernychenko, J. D. Choder, A. Clyde, J. E. Coffland, G. Cohen, J. Cole, A. Contini, L. Cox, M. Cvitkovic, A. Dias, K. Donckers, D. L. Dotson, A. Douangamath, S. Duberstein, T. Dudgeon, L. Dunnett, P. K. Eastman, N. Erez, C. J. Eyermann, M. Fairhead, G. Fate, D. Fearon, O. Federov, M. Ferla, R. S. Fernandes, L. Ferrins, R. Foster, H. Foster, R. Gabizon, A. Garcia-Sastre, V. O. Gawriljuk, P. Gehrtz, C. Gileadi, C. Giroud, W. G. Glass, R. Glen, I. Glinert, A. S. Godoy, M. Gorichko, T. Gorrie-Stone, E. J. Griffen, S. H. Hart, J. Heer, M. Henry, M. Hill, S. Horrell, M. F. D. Hurley, T. Israely, A. Jajack, E. Jnoff, D. Jochmans, T. John, S. De Jonghe, A. L. Kantsadi, P. W. Kenny, J. L. Kiappes, L. Koekemoer, B. Kovar, T. Krojer, A. A. Lee, B. A. Lefker, H. Levy, N. London, P. Lukacik, H. B. Macdonald, B. Maclean, T. R. Malla, T. Matviiuk, W. McCorkindale, B. L. McGovern, S. Melamed, O. Michurin, H. Mikolajek, B. F. Milne, A. Morris, G. M. Morris, M. J. Morwitzer, D. Moustakas, A. M. Nakamura, J. B. Neto, J. Neyts, L. Nguyen, G. D. Noske, V. Oleinikovas, G. Oliva, G. J. Overheul, D. Owen, V. Psenak, R. Pai, J. Pan, N. Paran, B. Perry, M. Pingle, J. Pinjari, B. Politi, A. Powell, R. Puni, V. L. Rangel, R. N. Reddi, S. P. Reid, E. Resnick, E. G. Ripka, M. C. Robinson, R. P. Robinson, J. Rodriguez-Guerra, R. Rosales, D. Rufa, C. Schofield, M. Shafeev, A. Shaikh, J. Shi, K. Shurrush, S. Sing, A. Sittner, R. Skyner, A. Smalley, M. D. Smilova, L. J. Solmesky, J. Spencer, C. Strain-Damarell, V. Swamy, H. Tamir, R. Tennant, W. Thompson, A. Thompson, W. Thompson, S. Tomasia, A. Tumber, I. Vakonakis, R. P. van Rij, L. van Geel, F. S. Varghese, M. Vaschetto, E. B. Vitner, V. Voelz, A. Volkamer, F. von Delft, A. von Delft, M. Walsh, W. Ward, C. Weatherall, S. Weiss, K. M. White, C. F. Wild, M. Wittmann, N. Wright, Y. Yahalom-Ronen, D. Zaidmann, H. Zidane, N. Zitzmann, R. P. van Rij, I. G. Costa, R. K. Schneider, B. Smeets and R. Kramann (2022). "SARS-CoV-2 infects the human kidney and drives fibrosis in kidney organoids." Cell Stem Cell 29(2): 217–231.e218. Fibromap doi.org/10.1016/j.stem.2021.12.010.

Jansen, J., B. T. van den Berge, M. van den Broek, R. J. Maas, D. Daviran, B. Willemsen, R. Roverts, M. van der Kruit, C. Kuppe, K. C. Reimer, G. Di Giovanni, F. Mooren, Q. Nlandu, H. Mudde, R. Wetzels, D. Den Braanker, N. Parr, J. S. Nagai, V. Drenic, I. G. Costa, E. Steenbergen, T. Nijenhuis, H. Dijkman, N. Endlich, N. C. A. J. van de Kar, R. K. Schneider, J. F. M. Wetzels, A. Akiva, J. van der Vlag, R. Kramann, M. F. Schreuder and B. Smeets (2022). "Human pluripotent stem cell-derived kidney organoids for personalized congenital and idiopathic nephrotic syndrome modeling." Development 149(9). Fibromap doi.org/10.1242/dev.200198.

Kuppe, C., J. Perales-Patón, J. Saez-Rodriguez and R. Kramann (2022). "Experimental and computational technologies to dissect the kidney at the single-cell level." Nephrol Dial Transplant 37(4): 628-637. Fibromap doi.org/10.1093/ndt/gfaa233.

Kuppe, C., R. O. Ramirez Flores, Z. Li, S. Hayat, R. T. Levinson, X. Liao, M. T. Hannani, J. Tanevski, F. Wünnemann, J. S. Nagai, M. Halder, D. Schumacher, S. Menzel, G. Schäfer, K. Hoeft, M. Cheng, S. Ziegler, X. Zhang, F. Peisker, N. Kaesler, T. Saritas, Y. Xu, A. Kassner, J. Gummert, M. Morshuis, J. Amrute, R. J. A. Veltrop, P. Boor, K. Klingel, L. W. Van Laake, A. Vink, R. M. Hoogenboezem, E. M. J. Bindels, L. Schurgers, S. Sattler, D. Schapiro, R. K. Schneider, K. Lavine, H. Milting, I. G. Costa, J. Saez-Rodriguez and R. Kramann (2022). "Spatial multi-omic map of human myocardial infarction." Nature 608(7924): 766-777. Fibromap doi.org/10.1038/s41586-022-05060-x.

Li, R., B. Banjanin, R. K. Schneider and I. G. Costa (2022). "Detection of cell markers from single cell RNA-seq with sc2marker." BMC Bioinformatics 23(1): 276. Fibromap doi.org/10.1186/s12859-022-04817-5.

Reimer, K. C., J. Jansen, G. J. Overheul, P. Miesen, R. P. van Rij, S. H. Triana, B. Smeets, R. K. Schneider and R. Kramann (2022). "Using human iPSC-derived kidney organoids to decipher SARS-CoV-2 pathology on single cell level." STAR Protocols: 101612. Fibromap doi.org/10.1016/j.xpro.2022.101612.

Reimer, K. C., J. Jansen, G. J. Overheul, P. Miesen, R. P. van Rij, S. H. Triana, B. Smeets, R. K. Schneider, and R. Kramann (2022). "Using human iPSC-derived kidney organoids to decipher SARS-CoV-2 pathology on single cell level." STAR Protocols: 101612. Fibromap  doi.org/10.1016/j.xpro.2022.101612.

Schepanski, S., M. Chini, V. Sternemann, C. Urbschat, K. Thiele, T. Sun, Y. Zhao, M. Poburski, A. Woestemeier, M.-T. Thieme, D. E. Zazara, M. Alawi, N. Fischer, J. Heeren, N. Vladimirov, A. Woehler, V. G. Puelles, S. Bonn, N. Gagliani, I. L. Hanganu-Opatz and P. C. Arck (2022). "Pregnancy-induced maternal microchimerism shapes neurodevelopment and behavior in mice." Nature Communications 13(1): 4571. Fibromap doi.org/10.1038/s41467-022-32230-2.

Schumacher, D. and R. Kramann (2022). "Multiomic Spatial Mapping of Myocardial Infarction and Implications for Personalized Therapy." Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology. Fibromap www.ahajournals.org/doi/abs/10.1161/ATVBAHA.122.318333.

Stalmann, U. S. A., F. Ticconi, I. A. M. Snoeren, R. Li, H. F. E. Gleitz, G. S. Cowley, M. E. McConkey, A. B. Wong, S. Schmitz, S. N. R. Fuchs, S. Sood, N. B. Leimkühler, S. Martinez-Høyer, B. Banjanin, D. Root, T. H. Brümmendorf, J. E. Pearce, A. Schuppert, E. M. J. Bindels, M. A. Essers, D. Heckl, T. Stiehl, I. G. Costa, B. L. Ebert and R. K. Schneider (2022). "Genetic barcoding systematically compares genes in del(5q) MDS and reveals a central role for CSNK1A1 in clonal expansion." Blood Adv 6(6): 1780–1796. Fibromap doi.org/10.1182/bloodadvances.2021006061.

Wanner, N., G. Andrieux, P. Badia-i.-Mompel, C. Edler, S. Pfefferle, M. T. Lindenmeyer, C. Schmidt-Lauber, J. Czogalla, M. N. Wong, Y. Okabayashi, F. Braun, M. Lütgehetmann, E. Meister, S. Lu, M. L. M. Noriega, T. Günther, A. Grundhoff, N. Fischer, H. Bräuninger, D. Lindner, D. Westermann, F. Haas, K. Roedl, S. Kluge, M. M. Addo, S. Huber, A. W. Lohse, J. Reiser, B. Ondruschka, J. P. Sperhake, J. Saez-Rodriguez, M. Boerries, S. S. Hayek, M. Aepfelbacher, P. Scaturro, V. G. Puelles and T. B. Huber (2022). "Molecular consequences of SARS-CoV-2 liver tropism." Nat Metab 4(3): 310. Fibromap doi.org/10.1038/s42255-022-00552-6.

Xu, Y., C. Kuppe, J. Perales-Patón, S. Hayat, J. Kranz, A. T. Abdallah, J. Nagai, Z. Li, F. Peisker, T. Saritas, M. Halder, S. Menzel, K. Hoeft, A. Kenter, H. Kim, C. R. C. van Roeyen, M. Lehrke, J. Moellmann, T. Speer, E. M. Buhl, R. Hoogenboezem, P. Boor, J. Jansen, C. Knopp, I. Kurth, B. Smeets, E. Bindels, M. E. J. Reinders, C. Baan, J. Gribnau, E. J. Hoorn, J. Steffens, T. B. Huber, I. Costa, J. Floege, R. K. Schneider, J. Saez-Rodriguez, B. S. Freedman and R. Kramann (2022). "Adult human kidney organoids originate from CD24+ cells and represent an advanced model for adult polycystic kidney disease." Nat Genet: 1–12. Fibromap doi.org/10.1038/s41588-022-01202-z.

Heller, S., Z. Li, Q. Lin, R. Geusz, M. Breunig, M. Hohwieler, X. Zhang, G. G. Nair, T. Seufferlein, M. Hebrok, M. Sander, C. Julier, A. Kleger and I. G. Costa (2021). "Transcriptional changes and the role of ONECUT1 in hPSC pancreatic differentiation." Commun Biol 4(1298): 1–12. Fibromap doi.org/10.1038/s42003-021-02818-3.

Kuppe, C., M. M. Ibrahim, J. Kranz, X. Zhang, S. Ziegler, J. Perales-Patón, J. Jansen, K. C. Reimer, J. R. Smith, R. Dobie, J. R. Wilson-Kanamari, M. Halder, Y. Xu, N. Kabgani, N. Kaesler, M. Klaus, L. Gernhold, V. G. Puelles, T. B. Huber, P. Boor, S. Menzel, R. M. Hoogenboezem, E. M. J. Bindels, J. Steffens, J. Floege, R. K. Schneider, J. Saez-Rodriguez, N. C. Henderson and R. Kramann (2021). "Decoding myofibroblast origins in human kidney fibrosis." Nature 589(7841): 281. Fibromap doi.org/10.1038/s41586-020-2941-1.

Leimkühler, N. B., I. G. Costa and R. K. Schneider (2021). "From cell to cell: Identification of actionable targets in bone marrow fibrosis using single-cell technologies." Exp Hematol 104: 48–54. Fibromap doi.org/10.1016/j.exphem.2021.09.006.

Leimkühler, N. B., H. F. E. Gleitz, L. Ronghui, I. A. M. Snoeren, S. N. R. Fuchs, J. S. Nagai, B. Banjanin, K. H. Lam, T. Vogl, C. Kuppe, U. S. A. Stalmann, G. Büsche, H. Kreipe, I. Gütgemann, P. Krebs, Y. Banz, P. Boor, E. W.-Y. Tai, T. H. Brümmendorf, S. Koschmieder, M. Crysandt, E. Bindels, R. Kramann, I. G. Costa and R. K. Schneider (2021). "Heterogeneous bone-marrow stromal progenitors drive myelofibrosis via a druggable alarmin axis." Cell Stem Cell 28(4): 637–652.e638. Fibromap doi.org/10.1016/j.stem.2020.11.004.

Li, Z., C. Kuppe, S. Ziegler, M. Cheng, N. Kabgani, S. Menzel, M. Zenke, R. Kramann and I. G. Costa (2021). "Chromatin-accessibility estimation from single-cell ATAC-seq data with scOpen." Nat Commun 12(1): 6386. Fibromap doi.org/10.1038/s41467-021-26530-2.

Nagai, J. S., N. B. Leimkühler, M. T. Schaub, R. K. Schneider and I. G. Costa (2021). "CrossTalkeR: analysis and visualization of ligand–receptorne tworks." Bioinformatics 37(22): 4263–4265. Fibromap doi.org/10.1093/bioinformatics/btab370.

Philippi, A., S. Heller, I. G. Costa, V. Senee, M. Breunig, Z. Li, G. Kwon, R. Russell, A. Illing, Q. Lin, M. Hohwieler, A. Degavre, P. Zalloua, S. Liebau, M. Schuster, J. Krumm, X. Zhang, R. Geusz, J. R. Benthuysen, A. Wang, J. Chiou, K. Gaulton, H. Neubauer, E. Simon, T. Klein, M. Wagner, G. Nair, C. Besse, C. Dandine-Roulland, R. Olaso, J. F. Deleuze, B. Kuster, M. Hebrok, T. Seufferlein, M. Sander, B. O. Boehm, F. Oswald, M. Nicolino, C. Julier and A. Kleger (2021). "Mutations and variants of ONECUT1 in diabetes." Nat Med. Fibromap doi.org/10.1038/s41591-021-01502-7.

Puelles, V. G., A. N. Combes and J. F. Bertram (2021). "Clearly imaging and quantifying the kidney in 3D." Kidney International 100(4): 780–786. Fibromap doi.org/10.1016/j.kint.2021.04.042.

Saritas, T. and R. Kramann (2021). "Kidney Allograft Fibrosis: Diagnostic and Therapeutic Strategies." Transplantation 105(10): e114-e130. Fibromap www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/33982910.

Schumacher, D., F. Peisker and R. Kramann (2021). "MEOX1: a novel druggable target that orchestrates the activation of fibroblasts in cardiac fibrosis - Signal Transduction and Targeted Therapy." Sig Transduct Target Ther 6(440): 1–3. Fibromap doi.org/10.1038/s41392-021-00842-7.

Solagna, F., C. Tezze, M. T. Lindenmeyer, S. Lu, G. Wu, S. Liu, Y. Zhao, R. Mitchell, C. Meyer, S. Omairi, T. Kilic, A. Paolini, O. Ritvos, A. Pasternack, A. Matsakas, D. Kylies, J. S. zur Wiesch, J.-E. Turner, N. Wanner, V. Nair, F. Eichinger, R. Menon, I. V. Martin, B. M. Klinkhammer, E. Hoxha, C. D. Cohen, P.-L. Tharaux, P. Boor, T. Ostendorf, M. Kretzler, M. Sandri, O. Kretz, V. G. Puelles, K. Patel and T. B. Huber (2021). "Pro-cachectic factors link experimental and human chronic kidney disease to skeletal muscle wasting programs." J Clin Invest 131(11). Fibromap doi.org/10.1172/JCI135821.

Zimmermann, M., M. Klaus, M. N. Wong, A.-K. Thebille, L. Gernhold, C. Kuppe, M. Halder, J. Kranz, N. Wanner, F. Braun, S. Wulf, T. Wiech, U. Panzer, C. F. Krebs, E. Hoxha, R. Kramann, T. B. Huber, S. Bonn and V. G. Puelles (2021). "Deep learning–based molecular morphometrics for kidney biopsies." JCI Insight 6(7). Fibromap doi.org/10.1172/jci.insight.144779.

Braun, F., M. Lütgehetmann, S. Pfefferle, M. N. Wong, A. Carsten, M. T. Lindenmeyer, D. Nörz, F. Heinrich, K. Meißner, D. Wichmann, S. Kluge, O. Gross, K. Pueschel, A. S. Schröder, C. Edler, M. Aepfelbacher, V. G. Puelles and T. B. Huber (2020). "SARS-CoV-2 renal tropism associates with acute kidney injury." Lancet 396(10251): 597–598. Fibromap doi.org/10.1016/S0140-6736(20)31759-1.

Braun, F., M. Rinschen, D. Buchner, K. Bohl, I. Plagmann, D. Bachurski, M. R. Späth, P. Antczak, H. Göbel, C. Klein, J.-W. Lackmann, O. Kretz, V. G. Puelles, R. Wahba, M. Hallek, B. Schermer, T. Benzing, T. B. Huber, A. Beyer, D. Stippel, C. E. Kurschat and R.-U. Müller (2020). "The proteomic landscape of small urinary extracellular vesicles during kidney transplantation." J Extracell Vesicles 10(1): e12026. Fibromap doi.org/10.1002/jev2.12026.

Gleitz, H., A. J. F. Dugourd, N. B. Leimkühler, I. A. M. Snoeren, S. N. R. Fuchs, S. Menzel, S. Ziegler, N. Kroeger, I. Triviai, G. Büsche, H. Kreipe, B. Banjanin, J. Pritchard, R. Hoogenboezem, E. Bindels, N. Schumacher, S. Rose-John, S. Elf, J. Saez-Rodriguez, R. Kramann and R. K. Schneider (2020). "Increased CXCL4 expression in hematopoietic cells links inflammation and progression of bone marrow fibrosis in MPN." Blood. FibroMap doi.org/10.1182/blood.2019004095.

Zhao, S., M. I. Todorov, R. Cai, R. A. -Maskari, H. Steinke, E. Kemter, H. Mai, Z. Rong, M. Warmer, K. Stanic, O. Schoppe, J. C. Paetzold, B. Gesierich, M. N. Wong, T. B. Huber, M. Duering, O. T. Bruns, B. Menze, J. Lipfert, V. G. Puelles, E. Wolf, I. Bechmann and A. Ertürk (2020). "Cellular and Molecular Probing of Intact Human Organs." Cell 180(4): 796--812.e719. Fibromap doi.org/10.1016/j.cell.2020.01.030.